La Cofradía de la Venerable Orden Tercera de San Francisco tiene sus comienzos relacionados con el Convento del mismo Santo de su advocación existente por el siglo XIII en la Plaza del Mercado hoy Plaza Mayor.

Según escritura de 1661, compra parte del terreno de San Francisco para hacer capilla.

En el siglo XIX gracias a la intervención real sus bienes no son desamortizados permaneciendo en el Convento de San Diego hasta que en 1924 regresan a la ciudad los PP. Franciscanos y con ellos se trasladan al Convento de la Sagrada Familia sito en el Paseo de Zorrilla...

La Cofradía Penitencial de la Santa Vera Cruz es una de las 19 cofradías que existen, en la actualidad, en la Semana Santa de Valladolid. Es una de las cinco cofradías históricas con continuidad desde sus comienzos. Tiene su sede en la Iglesia Penitencial de la Vera Cruz donde además custodian una serie de pasos de gran calidad artística.

Según el primer dato documentado de que se tiene noticia, esta cofradía data de antes de 1498; se trata de una solicitud que hacen los cofrades al Regimiento (el Ayuntamiento de la época), para construir un humilladero fuera de la Puerta del Campo. Fue una ermita de cal y piedra donde se veneraba un Cristo y una reliquia que consistía en un pedazo pequeño de la Verdadera Cruz. 

Su patrono fue desde el principio San Juan Bautista degollado, en armonía con la cofradía existente en Roma, llamada Hermandad de la Misericordia de la nación Florentina de la Ciudad de Roma o San Juan de los Florentinos de Roma, que fue la primera asociación que hubo en la historia con esta advocación. Al hermanarse con los Florentinos, la cofradía de la Pasión pretendía (y lo consiguió) obtener del papa las mismas bulas e indulgencias.

Fundada en 1940 por un grupo reducido de personas amantes de la Eucaristía, a la cabeza de las cuales se situaba el sacerdote D. Andrés Gamboa Murcia, se propuso desde el primer momento dotar a la Semana Santa de Valladolid de un nuevo paso que mostrara la institución de la Eucaristía.

Las gestiones para la formación de la Cofradía fueron laboriosas y muchas de ellas infructuosas quedando oficialmente constituida el 26 de mayo de 1940, día en que se celebro su primera junta, para dar lectura al proyecto del reglamento por el que habría de regirse. 

Lo mismo que las otras cofradías penitenciales históricas, tuvo sus comienzos con sede en una ermita, situada en un lugar conocido como las cuatro calles, que en el Valladolid del siglo XXI corresponden a la calle de Torrecilla, de la Rondilla de Santa Teresa, de Gondomar y de Santa Clara. En ese entorno se encontraba la Real Chancillería y muchos de sus funcionarios vivían cerca y eran cofrades. La cofradía de las Angustias alegó siempre a favor de su antigüedad el vínculo que había tenido desde los tiempos de los Reyes Católicos con el Tribunal de la Chancillería.